Truyền thuyết về Thạch Linh thần tướng đã được văn bản hóa sớm nhất trong sách Bắc Ninh địa dư chí của Đỗ Trọng Vĩ (thế kỷ XIX), sau đó là Bắc Ninh toàn tỉnh dư địa chí; Truyện dân gian vùng Quan họ - Bà Chúa Kho, thần tích xã Thượng Lát…Truyền thuyết kể rằng: Có một người trưởng giả là Nguyễn Hòa cùng vợ là Cao Thị Huyền ở trên một khu đất rộng rãi, trong khu đất có một cái ao, giữa ao có một tảng đá to như bàn cờ; xung quanh khu đất có nhiều núi đá cao, trên có thông reo, có rồng đá, voi đá, ngựa đá, rùa đá, cờ đá hướng chầu. Nguyễn Hòa tuổi đã ngoài 60, vợ cũng quá 50 tuổi mà vẫn chưa có một mụn con nối dõi.

Một hôm vừa ra tới bàn đá, chợt thấy một con rắn hoa dài hơn 10 trượng, vây đủ màu sắc, đang bò quanh co trên bàn đá, trông thấy người thì trườn xuống nước biến mất. Đêm hôm ấy, mưa to gió lớn, sấm sét ầm ầm, trong ao hình như có tiếng người nói, cười, đàn hát. Nguyễn Hòa nấp xem, thấy phiến đá trong ao có mây che ngũ sắc, khí nổi lạ lùng, trên trời tiên nữ ca ngâm, nhã nhạc réo rắt…Sáng hôm sau là vào ngày mùng 10 tháng Giêng, Nguyễn Hòa thấy phiến đá trong ao tự nhiên tan ra thành ba mảnh, xuất hiện một trang nam tử, tướng mạo đường đường, phong tư lẫm liệt. Nguyễn Hòa thấy kì lạ bèn ôm lấy đem về nhà nuôi và đặt tên là Thạch Tướng… Đến năm 7 tuổi, Thạch Tướng cao hơn 10 trượng, thế đủ lay non lấp biển (có sách chép 7 tuổi vẫn không đứng dậy).

Thời bấy giờ, vua sao nhãng việc trị dân, bảo vệ nước, ngày tháng đam mê tửu sắc, biếng việc biên phòng, nhân thế mà giặc Man nổi lên, vua lấy làm lo lắng, hạ chiếu vời bách quan đại hội, thiết lập đàn chay, khấn cầu trời đất giúp việc trừ giặc. Được 21 ngày, vào ngày mồng 10 tháng 8, tự nhiên mây đen kéo phủ, đàn tràng tối tăm mờ mịt, rồi gió mưa, sấm, sét nổi lên. Một lúc sau trời quang, mây tạnh, trong đàn tỏ sáng, thấy một lá cờ trắng ở trên đàn, cờ có hàng chữ: Trên trời thượng đế báo nhà vuaĐánh giặc tan tành tựa gió mưaTìm đến Bắc Hà, Yên Việt xứChuyển Hùng Thạch Tướng đánh không thua!

Hôm ấy vua truyền một quan đình thần cùng 12 người sá nhân tay cầm cờ Thiên hoàng tìm đến đất Yên Việt… Nguyễn Hòa ra xem thì thấy một lá cờ lệnh có tên Thạch Tướng, vào nhà bảo với con. Thạch Tướng truyền mời sứ giả vào và nói rằng: "Về tâu vua làm cho ta một con voi đá cao 10 trượng, kiếm đá, và trao cả cờ Thiên đế cho ta thì giặc Man sẽ bình".

Giữa ngày 13 tháng 8, nhà vua đến vùng Tiên Lát mời Thạch Tướng Quân ra trận giết giặc, phái một nàng công chúa có húy danh là Thanh Bình đi cùng và giao cho việc trông coi lương thực tại trại Cung, nhân dân lập đình để vua ngự (nay vẫn gọi là đình Ngự)… Thạch Tướng tâu rằng: "Quyền hành chốn nhạc phủ, tước mệnh nơi thiên đình, trời sai xuống giúp bệ hạ trừ Man khấu, đã có chức của thiên đình, đâu giám phiền bệ hạ hậu bào…" Nói xong, Thạch Tướng nhảy lên voi, tay cầm cờ lệnh, quân quyền theo sau ầm ầm như nước chảy, thác reo, thẳng đường tiến lên Hưng Hóa, Tuyên Quang, Cao Bằng… một trận quét sạch loài thảo khấu, thiên hạ lại được thái bình.

Bình giặc xong, vào ngày 12 tháng 9 Thạch Tướng về lại trang Tiên Lát chào cha mẹ nuôi rồi lên đỉnh núi Phượng Hoàng (núi Bổ Đà, xã Tiên Sơn) hóa về trời. Vua bèn truyền trăm quân đến nơi Thạch Tướng hóa ở Tiên Lát để hành lễ, rồi sai lập đền ngay nơi Ngài hoá (gồm đền Trung nằm ở lưng chừng núi, Đền Thượng nằm trên đỉnh ngọn núi) để hương khói thờ phụng, lại cho cấp tự điền làm hương hỏa cúng tế và ban y mạo cùng bao phong mỹ tự: Chuyển Hùng Thạch Tướng Đại Vương. Vua cho triệu vợ chồng Nguyễn Hòa về Phong Châu thành, quốc triều phụng dưỡng được 3 năm tròn, hai vợ chồng đều hóa vào ngày mùng 10 tháng 11 được nhân dân xây nhà mẫu trên khu đất mà hai vợ chồng từng ở để thờ cúng.[1]

Theo truyền thuyết thì Thạch Tướng Quân được rắn thần thụ thai vào đá mà sinh ra. Tảng đá tách ra làm ba trong ao được nhân dân gọi là đá mẹ, lập miếu thờ gọi là đền Hạ. Trên đỉnh phiến đá lớn nhất xây một ngôi miếu nhỏ để thờ Thạch Tướng Đại Vương. Ao có đá mẹ được gọi là Ao Miếu hay Ao Thánh (Thánh Trì), ao Thạch Long. Sau khi công chúa Thanh Bình mất, dân làng lập đền thờ trên núi, gọi là đền Bà Chúa Kho.